Действие разворачивается после событий мультфильма «Босс-молокосос 2» и повествует о Теодоре Темплтоне, который обвиняется в хищении крупной суммы денег компании, хотя на самом деле ни в чем не виноват. Преследуемый ФБР и другими спецслужбами, главный герой выпивает младенческую сыворотку и вновь превращается в малыша, чтобы попросить помощи у своего брата Тима, а затем вернуться на работу в «БэбиКо» — пиар-фирму для младенцев, раздающую детей любящим семьям по всему миру, где слишком многое поменялось с момента его ухода.