Борьба человечества против армии машин достигает своей кульминации. Зион, последний оплот человеческой цивилизации, оказывается под угрозой, когда армия машин приближается к нему, буря тоннели и намереваясь истребить оставшихся людей. В это же время, главный герой Нео оказывается в безвыходной ситуации, запертый между Матрицей и реальным миром на вокзале, принадлежащем коварному Меровингину. Но благодаря отваге и решимости Тринити и Морфеуса, им удается спасти Нео и теперь каждому приходится принимать решение, которое может определить будущее человечества. В отчаянной попытке найти ответы, Нео обращается к прорицательнице Пифии, но даже она не может подсказать ему выход. Страшная катастрофа неминуема. Несмотря на мощные оборонительные системы Зиона и несгибаемую силу его народа, гибель человеческой расы становится неизбежной. И только Избранный способен найти путь и остановить безжалостное истребление. Настало время для последней битвы, которая определит судьбу всего человечества.