Когда злобный лемур Кото свергнул всеми любимого короля Джулиана и захватил власть, на острове Мадагаскар стало очень неспокойно. Джулиан, вынужденный покинуть королевство, отдаляется от ближайших друзей и, опасаясь за будущее своего народа, отправляется в опасное путешествие по морям, чтобы попытаться найти помощь. Но когда битва лемуров неумолимо приближается, он понимает, что не одинок, ведь его верные соратники – Морис, Кловер и Морт – не остановятся ни перед чем, чтобы помочь своему королю вернуть трон и освободить подданных.