После того, как главные герои мультфильма «Мадагаскар 2» - лев Алекс, зебра Марти, жираф Мелман и гиппопотам Глория оказались на Мадагаскаре, и пробыли там некоторое время, они решают вернуться в родной нью-йоркский зоопарк. Отремонтировав с помощью пингвинов потерпевший крушение на острове самолет, и прихватив с собой местного короля лемуров Джулиана и его верного помощника Мориса, компания зверей отправляется в долгий путь. Однако по дороге заканчивается горючее, и самолет падает на незнакомых для героев землях. Пока пингвины заняты ремонтом летательного аппарата, друзья решают осмотреться, и в скором времени узнают, что они оказались на своей родине – Африке. Здесь Алекс обретает давно утраченную семью, да и остальным оказывается настолько комфортно, что они совсем забывают о родном зоопарке. Вот только в скором времени начинаются проблемы, и результате которых перед друзьями становится ряд новых сложных испытаний.